지방마다 차이는 있지만 입동(立冬)을 전후로 한 시기부터 음력 10월 말 정도까지 메주를 만든다. 그 즈음에 나오는 반드시 국산 햇콩을 재료로 해야 맛있는 장을 만들 수 있다. 메주콩은 추석 때 나오는 청대콩이 여물어 노랗게 된 것이며, 묵은 콩일 경우에는 발아되지 않은 것이라야 한다.

콩은 솥에 물을 넣고 삶거나 시루에 앉혀 찐다. 삶거나 찐 콩은 부피가 애초의 것에서 2∼3배 가량 늘어나게 되므로 이를 감안해서 양을 가늠해야 한다. 날 콩을 그대로 삶기보다는 먼저 물에 충분히 불리면 처음의 1.5∼2배정도 늘어나므로 삶기 전에 미리 불려 사용하면 양을 가늠하기가 훨씬 수월하다. 물은 콩보다 1.3∼1.4배 정도의 양으로 충분히 부어 삶는다. (메주콩 소두 1말, 물 소두 1말 4되 정도)

콩은 비린내가 나지 않고 손가락으로 비벼봐서 쉽게 뭉그러질 때까지 충분히 익혀야 한다. 덜 익은 콩으로 메주를 쑤면 장맛이 떨어지고 장의 색 또한 탁해지기 때문이다. 콩은 고온에서 빨리 익히는 것이 바람직한데, 김이 나기 시작하면 불을 약하게 하여 콩이 불그스름하게 될 때까지 약한 불에 3∼4시간 계속 가열한다. (넘치더라도 솥뚜껑은 반드시 닫아야 한다. 안 그러면 비린내가 나게 된다.)

콩이 벌겋게 되고 껍질이 벗겨질 정도로 푹 삶아지면 소쿠리에 건져 물기를 뺀다. 그리고 익힌 콩은 식기 전에, 뜨거울 때 절구에 찧어야 메주 만들기가 수월하다.

메주 띄우기
콩 1말을 5∼6개 정도의 덩이로 나누어 손으로 뭉쳐 만들거나 일정한 나무틀에 넣어 모양을 만든다. 이렇게 만든 메주는 일단 30℃ 정도의 실온에서 2∼3일 정도 말려서 겉면의 수분을 말려준다. 이렇게 겉면이 굳으면 짚을 깔고 담요 등으로 잘 덮어서 따뜻한 온돌방에 두어 잘 뜨게 한다. 이 때 실내는 25℃ 정도로 유지하고 메주를 2주정도 두면 곰팡이가 고루 덮이게 된다. 곰팡이가 생기면 밖에 가끔 내놓아 말리기도 한다.
메주가 알맞게 뜨면 볏짚으로 묶어 겨울 1달 정도 방안 등 통풍이 잘 되는 곳에 올려놓고 말린다. 이른봄이 되면 메주에 슨 곰팡이를 깨끗이 씻어 햇볕에 쬐어 바싹 말린다.

개량식 메주
요즘은 삶은 콩에다 종국(種麴)을 섞어서 발효시키고 있다. 그러면 고린 냄새도 없고 며칠만에 메주를 얻을 수 있다. 이것을 개량메주라 한다. 개량메주로 만든 장은 콩이 단백질이 잘 분해되어 감칠맛이 한결 높아진다. 그러나 여러 가지 미생물에 의하여 만들어진 본래의 메주로 만든 것보다 맛이 단순하다.
또 본래의 메주는 단백질이 완전 분해되지 않고 펩타이드의 형태로 많이 남아 있다. 따라서 이것을 뚝배기에 넣고 끓이는 된장찌개는 끓이면 끓일수록 펩타이드가 아미노산까지 분해되어 맛이 좋아진다. 그러나 개량메주로 끓인 된장찌개는 오랫동안 끓이면 아미노산이 채소, 고기, 두부 등에 스며들고 국물은 담백해진다. 그래서 본래의 메주에다 개량메주를 섞어서 된장찌개를 끓이는 일도 많아지고 있다. 그리고 요즘은 도시의 주택환경이 바뀌어 집에서 메주 만들기가 어려워져 시골의 친척에 부탁하거나 공장제품의 메주를 사들이고 있다.
재래식메주는 취급과정에서 여러 종류의 세균과 곰팡이가 번식하므로 품질이 균일하지 못하고 잘못 관리하면 좋지 않은 맛과 냄새가 날 수 있는 등 관리가 어려운 반면 개량메주는 품질이 균일하고 감칠맛이 강하게 나타난다. 그러나 이 맛은 너무 단순하여 집집마다 독특한 장맛을 지니던 때의 향수를 느끼게 하며 재래식 장보다 풍미도 떨어지는 것이 사실이다.